Shadow foi criado na Space Colony ARK, uma colônia que foi criada por seu “pai”, Gerald Robotnik, Gerald procurava revolucionar a ciência mundial, criando algo conhecido como a “Forma de Vida Suprema”, e criou um protótipo, que se tornou Bio Lizard (a origem do nome veio da palavra “Biohazard”, que em inglês, quer dizer, mais ou menos, Perigo Biológico, a confirmação foi o nome do mestre final em Sonic Adventure 2 Battle, quando o Bio Lizard se funde com a ARK, Final Hazard), no qual precisava de um suporte de vida para sobreviver. Durante sua pesquisa, ele vê o Cometa Negro passando pela atmosfera terrestre, fato que só ocorre de 50 em 50 anos, e ele faz contato com o líder de um grupo de aliens chamados Forças Negras, e seu líder, Black Doom, ele oferece ajuda a Gerald se, em troca, na próxima vez em que o cometa passasse pela Terra, ele o daria 7 Chaos Emeralds. Enquanto isso, a neta de Gerald, Maria Robotnik, brincava com uma das cobaias de Gerald, que era Shadow, e como ele era muito apegado a sua neta, ele resolve aplicar a amostra de sangue de Black Doom naquele ouriço, durante a experiência, Shadow cresce e fica do tamanho que está agora, e se torna imortal, enquanto isso, o futuro G.U.N. Commander passeava pela ARK, ainda criança, e vê tudo que se passava pelo laboratório, e nunca esqueceu daquela cena; após esses fatos, Black Doom volta para seu cometa, para voltar 50 anos mais tarde, mas, a G.U.N. (Guardians of the United Nations), uma tropa militar mundial que servia para proteger a pátria, ficou sabendo do projeto, e, em uma missão perigosa, invade a ARK, onde no meio, muitos cientistas foram mortos, até que eles viram Maria com Shadow. Os dois foram para a sala de ejeção, onde Maria coloca o ouriço em uma cápsula, e, ao puxar a alavanca de ejeção, o soldado atira, e mata Maria, após suas ultimas palavras, “Sayonara, Shadow the Hedgehog”.